Die Behandlung der Paradontose erfolgt in drei Stufen, deren gemeinsames Ziel die Entfernung aller harten und weichen Beläge auf der Zahnoberfläche und die Wiederherstellung gesunder Zahnfleischverhältnisse ist.

Stufe 1, die sogenannte Initialbehandlung ist weitestgehend mit der professionellen Zahnreinigung identisch. Sie umfasst die Entfernung aller leicht erreichbaren Beläge und Auflagerungen mittels Ultraschall und Handinstrumenten. Die Initialbehandlung kann sowohl vom Zahnarzt als auch von einer in Prophylaxe weitergebildeten Helferin erfolgen. Sind bereits Zahnfleischtaschen vorhanden, schließt sich meist eine "geschlossene Parodontosebehandlung" an. Ziel ist wiederum die Entfernung aller harten und weichen Beläge aus den Zahnfleischtaschen. Diese Behandlung wird vom Zahnarzt unter örtlicher Betäubung durchgeführt.

Bei sehr tiefen Zahnfleischtaschen kann eine "offene Parodontosebehandlung" erforderlich werden. Dabei wird das Zahnfleisch, natürlich unter Betäubung, vorsichtig vom Zahn weggedrückt, die Zahnfleisch- oder Knochentasche gereinigt und gegebenfalls ein Knochenersatz in den Defekt eingebracht. Mit dieser Methode kann häufig eine Wiederherstellung des verlorengegangen Knochens erreicht werden. Voraussetzung dafür ist ein erfahrener Behandler und eine umfassende und individuelle Nachsorge.